Η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Αιγαίου έχει οργανωθεί ως συστατικό στοιχείο της εκπαιδευτικής και ερευνητικής λειτουργίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου.

Η φιλοδοξία της Βιβλιοθήκης να λειτουργήσει ως βηματοδότης για την δημιουργία της "Εικονικής Βιβλιοθήκης του Αρχιπελάγους" υποστασιοποιείται με το Πιλοτικό Πρόγραμμα "Κιβωτός του Αιγαίου", που χρηματοδοτήθηκε από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας.

Στην κύρια αποστολή της Βιβλιοθήκης περιλαμβάνεται και η ενεργή συμμετοχή της στην επιστημονική και εφαρμοσμένη έρευνα που σχετίζεται με τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας των βιβλιοθηκών στην επιτέλεση των σκοπών της. Ερευνητικά προγράμματα, όπως  τα "Βιβλιοθήκες χωρίς Τείχη" και "EQLIPSE", εντάσσονται στην κατηγορία αυτή.

Άλλα ερευνητικά προγράμματα στα οποία η Βιβλιοθήκη είχε ενεργό ρόλο είναι το "Πρόγραμμα Δολίχη" και το "Ειδικό Πρόγραμμα Αναβάθμισης".