Η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Αιγαίου ιδρύθηκε ταυτόχρονα με το ομώνυμο Πανεπιστήμιο το 1984.

Η χωροθέτηση των Σχολών και των Τμημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου αρχικά σε τέσσερα νησιά και στη συνέχεια σε έξι καθόρισε τη διάρθρωση και τη φυσιογνωμία της Βιβλιοθήκης, η οποία προσέλαβε τη μορφή Δικτύου Βιβλιοθηκών με Παραρτήματα στα νησιά όπου λειτουργούν μονάδες του Πανεπιστημίου Αιγαίου.

Από την έναρξη της λειτουργίας της (1986), η Βιβλιοθήκη ανταποκρίθηκε με επιτυχία στην πρόκληση του συγκερασμού των αντίρροπων τάσεων που επιβάλλει η γεωγραφική διασπορά των Παραρτημάτων της και η ανάγκη ύπαρξης μίας ενιαίας Υπηρεσίας Βιβλιοθήκης με κοινή πολιτική σε θέματα βιβλιοθηκονομίας και επεξεργασίας του υλικού και σε θέματα στρατηγικής, σχεδιασμού και ανάπτυξης.

Οι στόχοι της Βιβλιοθήκης δεν περιορίζονται στις κλασσικές επιδιώξεις μίας Ακαδημαϊκής Βιβλιοθήκης, δηλαδή στην υποστήριξη και θεραπεία της εκπαιδευτικής και ερευνητικής διαδικασίας των μελών της Ακαδημαϊκής Κοινότητας, αλλά, λόγω των ιδιαιτεροτήτων του χώρου στον οποίο λειτουργεί (πλούσια πνευματική και πολιτιστική παράδοση), επεκτείνονται και στην ανάδειξη, προβολή και διάσωση του πνευματικού πλούτου του ελληνικού αρχιπελάγους.

Η Βιβλιοθήκη ταυτόχρονα φιλοδοξεί να άρει τη γεωγραφική απομόνωση των νησιών του Αιγαίου, παρέχοντας στους/στις χρήστες/χρήστριες της σύγχρονες υπηρεσίες πληροφόρησης προκειμένου να αναδειχθεί σε Βιβλιοθήκη–Κέντρο Πληροφόρησης, όχι μόνο του Πανεπιστημίου Αιγαίου, αλλά του αιγαιακού χώρου συνολικά.