Η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Αιγαίου έχει οργανωθεί ως συστατικό στοιχείο της εκπαιδευτικής και ερευνητικής λειτουργίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου.

Η φιλοδοξία της Βιβλιοθήκης να λειτουργήσει ως βηματοδότης για την δημιουργία της "Εικονικής Βιβλιοθήκης του Αρχιπελάγους" υποστασιοποιείται με το Πιλοτικό Πρόγραμμα "Κιβωτός του Αιγαίου [1]", που χρηματοδοτήθηκε από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας.

Στην κύρια αποστολή της Βιβλιοθήκης περιλαμβάνεται και η ενεργή συμμετοχή της στην επιστημονική και εφαρμοσμένη έρευνα που σχετίζεται με τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας των βιβλιοθηκών στην επιτέλεση των σκοπών της. Ερευνητικά προγράμματα, όπως  τα "Βιβλιοθήκες χωρίς Τείχη [2]" και "EQLIPSE [3]", εντάσσονται στην κατηγορία αυτή.

Άλλα ερευνητικά προγράμματα στα οποία η Βιβλιοθήκη είχε ενεργό ρόλο είναι το "Πρόγραμμα Δολίχη [4]" και το "Ειδικό Πρόγραμμα Αναβάθμισης".