Η φιλοδοξία της Βιβλιοθήκης να λειτουργήσει ως βηματοδότης για τη δημιουργία της "Εικονικής Βιβλιοθήκης του Αρχιπελάγους" υποστασιοποιείται με το Πιλοτικό Πρόγραμμα "Κιβωτός του Αιγαίου", που χρηματοδοτήθηκε από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας και εκτελέστηκε με ευθύνη της Βιβλιοθήκης του Πανεπιστημίου Αιγαίου για να δημιουργήσει το πρόπλασμα δικτύωσης χαρακτηριστικών μορφών οργανωμένης αποθήκευσης πολιτισμικού υλικού που αφορά ή προέρχεται από την περιοχή του Ελληνικού Αρχιπελάγους με ενιαίους κώδικες ταξινόμησης και αναδίφησης και ηλεκτρονική υποστήριξη για την αποθήκευση και διακίνηση του υλικού. Τελικός στόχος του προγράμματος ήταν να λύσει τα τεχνικά και οργανωτικά προβλήματα που μια τέτοια δικτύωση συνεπάγεται και να δημιουργήσει τις πρότυπες λύσεις σε πιλοτική κλίμακα (pilot module) πρόσφορη για πολλαπλή επανάληψη για την βαθμιαία κάλυψη ολόκληρου του πεδίου-στόχου. Το πρόγραμμα διηύθυνε ο Καθηγητής Κώστας Μαν. Σοφούλης με τη συνεργασία του Καθηγητή Σωτήρη Χτούρη.

Η πιλοτική μονάδα του δικτύου αποτελούνταν από τη Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Αιγαίου, ως τεχνική και διαχειριστική βάση, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη Κοραή της Χίου, το Ιστορικό Αρχείο Σάμου, το Αρχαιολογικό Μουσείο Σάμου και το τότε Εργαστήριο Κοινωνικής Πολιτισμικής Επικοινωνίας & Τεκμηρίωσης του Τμήματος Κοινωνικής Ανθρωπολογίας (& Ιστορίας μετέπειτα) του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Καθένας από τους κόμβους του πιλοτικού δικτύου αντιπροσώπευε την αντίστοιχη μορφή και περιεχόμενο που προσιδίαζε στην κατηγορία του. Ειδικότερα, το Εργαστήριο αποτελούσε ενεργή μονάδα συλλογής και οργάνωσης διάσπαρτου πολιτισμικού υλικού (μουσική, χορός, λαογραφικό υλικό, οπτικοακουστικό υλικό κ.λ.π.) που αποστολή του ήταν να δημιουργήσει αρχεία υλικού που δεν είχε εναποτεθεί ήδη σε αντίστοιχα σημεία-φορείς.

Το πρόγραμμα είχε διάρκεια από το Σεπτέμβριο του 1995 έως το Σεπτέμβριο του 1998.

Κιβωτός του Αιγαίου