Η Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Αιγαίου είναι μέλος του Συνδέσμου Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών και μετέχει σε όλες τις δράσεις του, είτε αυτές αφορούν πολιτικές ανάπτυξης της συλλογής, είτε υλοποίηση Οριζόντιων Δράσεων.

Παράλληλα έχει αναπτύξει συνεργασίες με τη Βρετανική Βιβλιοθήκη (British Library) και έχει υλοποιήσει έργα σε συνεργασία με άλλες Βιβλιοθήκες της Ελλάδας και του εξωτερικού.